AWS 管理コンソールからの RUN COMMAND の実行等、SSM エージェントとの通信が必要な際、ターゲットグループにインスタンスが表示されない場合は以下の項目を確認してみてください。
デーモンの再起動
SSMエージェントの手動インストールを行った際に、インストール後に amazon-ssm-agent のデーモンが自動で立ち上がっているようにステータスで確認されます。
そのままだとターゲットとしてインスタンスが表示されない場合、デーモンを再起動することで改善される場合があります。
Amazon Linux
sudo restart amazon-ssm-agent
Amazon Linux2
sudo systemctl amazon-ssm-agent restart
EC2インスタンスへのIAMロールのアタッチ
EC2 を SSM エージェントで管理するためには IAM ロールの権限が必要で、EC2 に IAM ロールの割り当てを行う必要があります。
参考:AWS – SSMエージェントのバージョンアップ コンソール編
Step.2 EC2インスタンスへ IAM ロールをアタッチ
リージョンの確認
基本的なことですが、RUN COMMAND を実行するリージョンと、インスタンスが起動しているリージョンは同一でないといけません。